有些必需基团虽然在一级结构上可能相距很远,但在空间结构上彼此靠近,集中在一起形成具有一定空间结构的区域,该区域与底物相结合并将底物转化为产物,这一区域称为酶的活性中心。
对于结合酶来说,辅酶或辅基上的一部分结构往往是活性中心的组成成分,构成酶活性中心的必需基团又可以分为两种,与底物结合的必需基团称为结合基团,促进底物发生化学变化的基团称为催化基团,活性中心中有的必需基团可同时具有这两方面的功能,还有些必需基团虽然不参加酶的活性中心的组成,但为维持酶活性中心应有的空间构象所必需,这些基团是酶的活性中心以外的必需基团。