农民工在隔离期间是有工资的。根据《传染病防治法》相关规定，被隔离人员有工作单位的，所在单位不得停止支付其隔离期间的薪资。在新冠疫情防控期间，因所住社区被管控/封闭、被相关部门强制隔离、健康码呈黄码居家隔离等原因导致需实施隔离的，员工的工资需按下面的规定计算。一、在员工没有违反疫情防控基本规定的条件下，不管是因自身原因或者是其个别原因，遭到政府强制隔离（如：新冠肺炎确诊患者、病原体携带人员、疑似患者、密切接触人员）而造成无法正常上班的员工，其公司需要按照正常上班给员工分发隔离期间的酬劳。二、要是不是被相关部门强行隔离的，是疫情封闭区、跨省出行、黄码待家隔离等其个别原因而导致的隔离，其工资的分发有下面3种。