长江流域天然水质良好，近年来随着工农业生产和城镇建设的迅速发展，水污染问题日益严重，特别是中下游地区。长江干流和26条支流及三个湖泊出口共82个代表河段，总河长1017km的水质评价结果显示，枯水期和丰水期水质都有明显下降趋势。主要超标污染物为耗氧、氨氮和挥发酚等。长江下游地区水污染防治措施滞后，骨干河道污染河长占73%，江苏垸内受污染河道为85%，上海达90%，江南运河已被全程污染。多数城市水源地已受到不同程度的污染，一些城市难以找到适合的饮用水源地。水污染造成的危害包括影响生存环境，危及人民的生活与健康；经济损失巨大；生物多样性面临严峻挑战；水体功能失去原有资源价值。水污染的原因包括无节制地排放废污水，经济发展与环境保护不协调，用水量加大造成污染型缺水，流域缺乏统一规划和管理。