1. 水污染问题
长江流域天然水质良好，近年来随着工农业生产和城镇建设的迅速发展，水污染问题日益严重，特别是中下游地区。长江干流和26条支流及三个湖泊出口共82个代表河段，总河长1017km的水质评价结果显示，枯水期和丰水期水质都有明显下降趋势。主要超标污染物为耗氧、氨氮和挥发酚等。长江下游地区水污染防治措施滞后，骨干河道污染河长占73%，江苏垸内受污染河道为85%，上海达90%，江南运河已被全程污染。多数城市水源地已受到不同程度的污染，一些城市难以找到适合的饮用水源地。水污染造成的危害包括影响生存环境，危及人民的生活与健康；经济损失巨大；生物多样性面临严峻挑战；水体功能失去原有资源价值。水污染的原因包括无节制地排放废污水，经济发展与环境保护不协调，用水量加大造成污染型缺水，流域缺乏统一规划和管理。
2. 湖库富营养化问题
近年来，由于排入湖库的氮、磷等营养物质不断增加，水体富营养化进程加快。国家重要点治理的“三湖”，即滇池、巢湖和太湖，全部都在长江流域。鄱阳湖、洞庭湖目前维持在中营养水平，但磷、氮含量偏高，正处于向富营养过渡阶段。近城郊的湖泊水库富营养化程度普遍较高。滇池、巢湖和太湖的水质已严重影响供水。湖库富营养化的原因包括我国人均含磷洗衣粉的净用量增加，化肥农药使用量大，水产养殖和畜禽污染。
3. 水土流失问题
根据80年代调查统计，长江流域水土流失面积56.2万km2，年土壤侵蚀量15.68亿吨。水土流失主要集中在金沙江下游，嘉陵江、沱江流域、乌江上游及重庆至鄂西的三峡库区。长江上游水土流失的危害主要表现在破坏土地资源，导致水源涵养能力降低，水土流失淤寨河道，湖泊及水库等水利设施。已累计治理水土流失面积5.3万km2，但长江上游水土保持任务仍相当艰巨。
4. 三峡工程对水环境影响问题
三峡工程在取得巨大的防洪、生态环境效益的同时，对上下游也有一定的不利影响。三峡工程对库区水质的不利影响主要表现在水位抬高，水流趋缓，不利于污染物的扩散。三峡水库水环境保护仅靠工程措施是远远不够的，还必须加强水环境的管理。三峡水库是长江的一部分，其水质的好坏直接影响到下游的生产生活用水。尽管目前三峡库区总体水质良好，但大量未径处理的废污水排入库区水域后，使沿江城镇的局部江段已形成了较严重的岸边污染带。
对策建议：
1. 加强法制建设，尽快制订长江水资源保护条例。
2. 统一规划，逐步实施，防治长江水污染，保护长江水资源。
3. 加强流域监督管理。
4. 建立节水型经济和节水型社会，减少污水排放。
5. 湖泊生态系统退化的上行控制途径。
6. 加强宣传教育，提高全民的水资源保护意识。
7. 明确经费渠道，保证投入。
