存疑不起诉与相对不起诉的区别主要是起诉的条件不同，并且概念也是存在差异的。1、《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十三条第二款规定，相对不起诉，是指人民对侦查机关侦查终结移送审查起诉的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，依法作出不起诉的决定。在相对不起诉的条件下，人民既可以作出不起诉决定，也可以作出起诉决定。此时需要向上级报送不起诉意见书。2、存疑不起诉，又称证据不足的不起诉。存疑不起诉是检察机关对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定。此规定中包括两个条件。