在清代，现今的伊犁哈萨克自治州各地区并未在统一行政区之内。阿勒泰地区原是筑城屯兵的重地，又是北面进入新疆的要道，战略地位十分重要。所以在未设伊犁将军之前，该地区就由乌里雅苏台定边左副将军下的科布多参赞大臣管辖。而伊犁、塔城地区归伊犁将军统领。将军府起初设在绥定城，后因绥定城规模较小，难以容纳众多的衙署和驻兵，遂于1765年移驻惠远城，并以惠远城为中心，相继在其周围建起宁远城（今伊宁）、惠宁城（今伊宁市巴彦岱镇）、塔勒奇城（今霍城县境内）、瞻德城（今霍城县清水河镇）、广仁城（今霍城县芦草沟）、拱宸城（老霍城县城）和熙春城（今伊宁市西城盘子），史称“伊犁九城”。与此同时，在塔城地区修建了肇丰，用为参赞大臣的驻地。1766年，参赞大臣阿桂将城移于楚呼楚，建绥靖城（今塔城）。