别墅违建的收费方式并不是固定的，而是根据具体情况和法律规定来确定。一般来说，别墅违建的收费主要包括罚款和可能的违法所得没收两部分。罚款的计算依据主要是违建工程的造价。根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。如果尚可采取改正措施消除对规划实施的影响，会限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。如果无法采取改正措施消除影响，会限期拆除；不能拆除的，会没收实物或者违法收入，同时可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。