在协议收购的程序中，首先需要拟订收购协议，然后获得各方内部批准。协议达成后，收购人必须在三日内向证券监督管理机构及证券交易所报告并公告。在公告前，不得履行协议。双方可以委托证券登记结算机构保管股票和存放资金。最后，完成过户手续。协议收购与要约收购的主要区别体现在交易场地、股份、收购态度、收购对象的股权结构和收购性质上。要约收购只能在证券交易所通过证券交易进行，而协议收购则可以在场外通过协议转让股份的方式进行。在股份方面，协议收购对持有股份的比例无，而要约收购在特定条件下需要向所有股东发出收购要约。协议收购通常表现为善意，而要约收购则不需要征得目标公司的同意，因此通常被视为敌意收购。