DDQ氧化反应后的处理方法是一个关键步骤，最初采用二氧六环作为溶剂，处理过程包括先蒸干溶剂，接着加入两倍于反应溶剂量的正己烷和一倍的二氯甲烷，这有助于DDQ相关的杂质析出形成固体，经过滤后，通常会用NaHCO3进行洗涤。然而，这种常规步骤可能导致产物回变原料，导致低产率。后来的尝试转向使用THF作为溶剂，并加入等量的K2CO3。文献建议的后处理方法是加水进行终止反应，然后通过EA萃取水层。然而，在处理大量样品时，由于DDQ呈深棕色，使得操作变得困难，难以观察分液界面，稀释也无效。