从法律角度而言，只要双方签订合同时自愿同意，且无任何欺诈、胁迫等行为导致合同无效或可撤销，则此约定即可视为合法。然而，若设置的违约金明显偏低，无法弥补购房者因开发商违约所受之损失，购房者有权要求或仲裁机构适度提高。例如，若实际损失远超按万分之一计算的违约金，便有可能根据实际损失、合同履行状况以及当事人责任大小等因素，对违约金金额进行调整。因此，万分之一的违约金设定本身或许合法，但其合理性和公正性仍需结合具体情况进行分析。