胚胎发育不全也是早期流产的主要原因。在妊娠头两个月，约有80%的流产案例是由于精子和卵子存在某种缺陷，使胚胎在发育到一定程度后停止生长。因此，流产排出物中通常看不到原始的胚胎组织。内分泌功能失调同样可以导致流产。受精卵需要在孕激素的作用下才能在子宫壁上着床并发育成胎儿。如果体内孕激素分泌不足，子宫蜕膜发育不良，会影响受精卵的发育，从而导致流产。此外，前列腺素增多和甲状腺功能降低也会影响胚胎的生长发育。子宫形态异常也可能导致流产。正常子宫是由肌肉构成的中空袋子，形状像倒放的梨子。有些生理异常的子宫可能具有不正常的形状，这可能会影响怀孕并导致流产。即使子宫形态异常不太严重，也可能影响正常生产。