怀孕三个月内流产的原因众多，其中遗传因素是最常见的原因之一。染色体数目或结构的异常会导致胚胎发育不良，从而引起流产。特别是在怀孕的前12周，遗传因素是自然流产的主要原因。
胚胎发育不全也是早期流产的主要原因。在妊娠头两个月，约有80%的流产案例是由于精子和卵子存在某种缺陷，使胚胎在发育到一定程度后停止生长。因此，流产排出物中通常看不到原始的胚胎组织。
内分泌功能失调同样可以导致流产。受精卵需要在孕激素的作用下才能在子宫壁上着床并发育成胎儿。如果体内孕激素分泌不足，子宫蜕膜发育不良，会影响受精卵的发育，从而导致流产。此外，前列腺素增多和甲状腺功能降低也会影响胚胎的生长发育。
子宫形态异常也可能导致流产。正常子宫是由肌肉构成的中空袋子，形状像倒放的梨子。有些生理异常的子宫可能具有不正常的形状，这可能会影响怀孕并导致流产。即使子宫形态异常不太严重，也可能影响正常生产。
外伤是另一个流产的原因。孕妇的腹部受到外力撞击、挤压，或是孕妇跌倒或从事重体力劳动、剧烈体育运动，甚至腹部手术如阑尾炎或卵巢囊肿手术都可能导致子宫收缩而引起流产。
情绪波动也会影响流产的风险。怀孕不仅增加了孕妈妈的生理负担，还带来了心理压力。怀孕初期情绪变化大，早孕反应频繁，孕妈妈的情绪会在短时间内从极度兴奋跌落到异常沮丧。情绪不稳定可能会影响大脑皮层与皮下中枢的调节，同时促进子宫收缩，从而导致流产。
怀孕三个月内容易流产与是否告诉别人怀孕消息无关。孕妈妈们应该破除迷信，尽早宣布怀孕消息，以便获得更多的支持和帮助。这样可以减轻心理压力，提高孕期的安全性。如果怀孕后守口如瓶，容易缺乏支持和帮助，增加流产的风险。
