职能分离原则是指在听证过程中从事裁决和审判型听证的机构或者人员，不能从事与听证和裁决行为不相容的活动，以保证裁决公平。职能分离原则来源于古老的自然公正原则。该原则主张"每个人不能作为自己案件的法官”，它不仅适用于司法职务，也适用于行政职务。《英国行》一书对此作了较全面的介绍，"公民在其权利和合理的利益受到行政决定不利影响时，不仅有权为自己辩护，而且有权要求他的意见必须由一个没有偏见的行政决定。一个行政决定不能由和该决定有利益牵连的人作出，这是自然公正原则对行政程序的要求”。"任何人不能就同一事件同时作为追诉人和裁判官，因为这种情况也是作为自己案件的法官”。