水路运输纠纷合同失效后法院的判决可能因具体情况而有所不同，但一般可以参考以下几个方面。首先，要判断合同是否无效。根据《国内水路货物运输纠纷案件法律问题的指导意见》第三条的规定，没有取得国内水路运输经营资质的承运人签订的国内水路货物运输合同，人民法院应当根据《合同法》第五十二条第（五）项的规定认定合同无效。如果承运人具有相应的经营资质，或者当事人双方约定适用《国内水路货物运输规则》第三条的规定，合同则有效。其次，要判断承运人是否履行了合同义务。如果承运人已经按照合同的约定将货物安全运输到约定地点，承运人请求托运人或者收货人参照合同的约定支付运费，人民法院可以适当予以保护。如果承运人没有履行合同义务，或者履行不完全，或者履行不符合约定，承运人应当承担违约责任。