判决可能因具体情况而有所不同。水路运输纠纷合同失效后法院的判决可能因具体情况而有所不同，但一般可以参考以下几个方面：
首先，要判断合同是否无效。根据《国内水路货物运输纠纷案件法律问题的指导意见》第三条的规定，没有取得国内水路运输经营资质的承运人签订的国内水路货物运输合同，人民法院应当根据《合同法》第五十二条第（五）项的规定认定合同无效。如果承运人具有相应的经营资质，或者当事人双方约定适用《国内水路货物运输规则》第三条的规定，合同则有效。
其次，要判断承运人是否履行了合同义务。如果承运人已经按照合同的约定将货物安全运输到约定地点，承运人请求托运人或者收货人参照合同的约定支付运费，人民法院可以适当予以保护。如果承运人没有履行合同义务，或者履行不完全，或者履行不符合约定，承运人应当承担违约责任。
再次，要判断货物是否发生了毁损、灭失。如果货物在运输过程中发生了毁损、灭失，托运人或者收货人向承运人主张损失赔偿的，人民法院可以综合考虑托运人或者收货人和承运人对合同无效和货物损失的过错程度，依法判定相应的民事责任。如果货物没有发生毁损、灭失，或者发生毁损、灭失是由于不可抗力、自然损耗、货物本身缺陷等原因造成的，承运人可以免除或者减轻赔偿责任。
综上所述，水路运输纠纷合同失效后法院怎么判，需要根据具体案件的事实和证据，依照相关法律法规和司法解释的规定，综合考量当事人双方的权利义务和过错责任，做出公正合理的裁判。
