然而，公司并未遵守这些规定，直接更改了工时制，这种做法不仅不合理，也缺乏法律依据。即使公司经过了相关部门的备案，这也不足以作为合同约定的依据。合同的变更应当是透明且双方达成一致的，不能单方面决定。如果员工不同意这种变更，应当有权拒绝，并且公司不能以此为理由对员工进行惩罚或解除合同。值得注意的是，合同变更不仅需要符合法律规定，还需要考虑到员工的实际权益。综合工时制虽然可能为公司带来一定的便利，但同时也增加了员工的工作压力。如果公司未经员工同意就实施这种工时制，可能会引发一系列的劳资纠纷，甚至影响到公司的声誉和员工的满意度。