在签订劳动合同之初，合同明确约定公司采用标准工时制，这意味着员工的工作时间会受到严格规定，通常一天工作8小时，一周工作40小时。然而，公司后来擅自将工时制改为综合工时制，这种做法明显违反了最初的合同约定。根据劳动法规定，这样的变更应当经过员工的同意，并且必须在得到相关部门的批准后才能实施。否则，公司应当按照原合同继续执行，或者因为违约行为给予相应的赔偿。
然而，公司并未遵守这些规定，直接更改了工时制，这种做法不仅不合理，也缺乏法律依据。即使公司经过了相关部门的备案，这也不足以作为合同约定的依据。合同的变更应当是透明且双方达成一致的，不能单方面决定。如果员工不同意这种变更，应当有权拒绝，并且公司不能以此为理由对员工进行惩罚或解除合同。
值得注意的是，合同变更不仅需要符合法律规定，还需要考虑到员工的实际权益。综合工时制虽然可能为公司带来一定的便利，但同时也增加了员工的工作压力。如果公司未经员工同意就实施这种工时制，可能会引发一系列的劳资纠纷，甚至影响到公司的声誉和员工的满意度。
在这种情况下，如果员工不愿意接受新的工时制，应当采取合法的途径来维护自己的权益。首先，可以通过与公司进行协商，尝试达成一个双方都可以接受的解决方案。如果协商无果，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，或者向法院提起诉讼。在这种情况下，员工应当保存好所有相关证据，包括劳动合同、工作时间记录、公司通知等，以便在法律程序中使用。
如果员工选择不签署新的工时制协议，公司可能会采取一系列措施，比如扣发工资、调整岗位等。但这些措施必须在法律允许的范围内进行。如果公司采取违法手段，员工有权通过法律途径追究公司的责任。因此，员工应当对公司的行为保持警惕，并在必要时寻求法律帮助。
总的来说，工时制的变更应当是公平、透明和合法的。公司应当尊重员工的意见，而员工也应当了解自己的权利，以确保自己的合法权益不受侵害。
