赔偿损失的具体方式是通过从劳动者的工资中进行扣除，但每月扣除的金额不得超过劳动者当月工资的20%。值得注意的是，扣除后的剩余工资必须保证不低于当地规定的月最低工资标准，否则应按最低工资标准支付。这一规定旨在平衡双方权益，一方面保护用人单位的利益，另一方面也保障劳动者的合法权益不受侵害。实践中，用人单位在扣除劳动者工资之前，应当事先与劳动者进行充分沟通，并确保有明确的书面协议或合同条款作为依据。同时，用人单位还需保存好相关证据，以证明劳动者确实因自身原因给用人单位造成了经济损失。此外，如果劳动者对赔偿金额存在异议，可以依据劳动合同中的争议解决条款，或通过劳动争议调解委员会等途径寻求解决办法。