若甲公司未单独开具运输发票，而是将运费部分与商品销售一起开具发票，则运费部分的增值税额为10000/（1+17%）X17%=1452.99元。在这种情况下，甲公司应将运输服务和商品销售合并开具发票。这样，运输服务的增值税部分与商品销售的增值税部分一起计算，可以简化税务处理流程，但需确保符合当地税务法规的要求。需要注意的是，税务处理的具体要求可能会因地区和具体情况而有所不同。因此，建议企业在实际操作中咨询专业的税务顾问，确保所有税务处理符合当地法律法规。