该校拥有商学院、文学与新闻传播学院、法学与公共管理学院、美术学院、物理与机电工程学院等19个教学学院，设有41个一级学科和78个本科专业，涵盖12大学科门类。此外，吉首大学附属有1所二级甲等非直属附属医院和4所三级甲等非直属附属医院。教职员工队伍中，有近1500人，其中专任教师超过1100人，高级职称教师达700余人，具有博士学位和硕士学位的导师共560余人。这些教师中包括14名享受“国务院政府特殊津贴”的专家，1名“新世纪百千万人才工程”国家级人选，以及多个国家级和省级人才项目获得者。学科建设方面，吉首大学拥有博士后科研流动站，一级学科博士点和硕士点，以及专业硕士点，其中包括民族学、哲学、应用经济学、生态学、体育学等专业学位硕士点。学校的民族学为湖南省优势特色重点一级学科。