口服药物的效果并不理想，因为药物需要通过口服、内脏吸收再到达皮肤，药效会有所损耗，且需要长期连续服用，一般人难以坚持。西医治疗扁平疣主要通过注射转移因子等激素来提高人体免疫功能，虽然能间接提高免疫力，但并不能直接杀灭病毒，因此治愈率较低，尤其是对于年龄较大的患者。外用药物如维A酸乳膏和肽丁胺软膏等含有激素成分，长期使用对身体有较大危害，建议少用或不用。治疗扁平疣时，保持愉快的心情和加强身体锻炼非常重要。病程通常较长，最快治疗时间一般需要2～3个月，甚至更久。但治疗后皮疹会逐渐变平、消退，不留任何痕迹。在治疗期间，应避免吸烟、饮酒和辛辣刺激性饮食，多吃蔬菜、水果，补充多种维生素，尤其是维生素B6等。一旦发现扁平疣，应及时治疗，采用联合治疗和免疫调节治疗尤为重要，可以有效防止复发。