治疗扁平疣时需谨慎选择方法，避免采用激光、电离子或疣体自身埋植等有创性治疗方案，因为这些方法可能会引发同型反应，导致病情恶化甚至转化为严重的疣状表皮发育不良。
口服药物的效果并不理想，因为药物需要通过口服、内脏吸收再到达皮肤，药效会有所损耗，且需要长期连续服用，一般人难以坚持。
西医治疗扁平疣主要通过注射转移因子等激素来提高人体免疫功能，虽然能间接提高免疫力，但并不能直接杀灭病毒，因此治愈率较低，尤其是对于年龄较大的患者。
外用药物如维A酸乳膏和肽丁胺软膏等含有激素成分，长期使用对身体有较大危害，建议少用或不用。
治疗扁平疣时，保持愉快的心情和加强身体锻炼非常重要。病程通常较长，最快治疗时间一般需要2～3个月，甚至更久。但治疗后皮疹会逐渐变平、消退，不留任何痕迹。
在治疗期间，应避免吸烟、饮酒和辛辣刺激性饮食，多吃蔬菜、水果，补充多种维生素，尤其是维生素B6等。
一旦发现扁平疣，应及时治疗，采用联合治疗和免疫调节治疗尤为重要，可以有效防止复发。
对于创伤性治疗及自身疣体种植治疗，需谨慎对待，以免造成泛发。
避免使用激素类药物，以防引起泛发性病变。
不要搔抓或抠剥疣体，以免造成自身接种。也不宜过度搓洗，以免引起自身接种。
保持个人卫生，避免与他人共用清洁用具，以防交叉感染。
