除了上述在全国广泛分布的鱼类外，各地水域中也有许多本地区的常见种类。例如，在东北黑龙江及其支流中，鱼类大约有90种，其中鲤科鱼类约有50种。由于黑龙江地处温带和亚寒带，多产冷水性鱼类，经济意义较大的常见种类包括哲罗鱼、细鳞鱼、乌苏里白鲑、北极茴鱼、鲟鱼、达氏鳇、狗鱼以及洄游性的大麻哈鱼等。随着地理位置南移，江河中的温带鱼类越来越多，而冷水性鱼类则逐渐减少。例如，辽河水系约有70种鱼类，其上游尚有北方种类；黄河水系约有140种，长江水系约有300种，二者的冷水鱼类极少，除了常见的青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鳊鱼、鲂鱼、鳤鱼、赤眼鳟、胭脂鱼等经济鱼类外，还有鲥鱼等特有种。