在亲子鉴定确认非婚生子后，法院会依据具体情况作出相应判决。通常情况下，法院会准予离婚，并根据当事人的要求作出以下判决：子女由女方抚养，女方承担子女抚育费用；男方无须负担非婚生子女的抚育费用，日后的生活费、教育费、医疗费等由女方承担；女方应承担一定数额的精神损害赔偿金，因女方在婚姻期间与他人保持性关系并生育子女，给男方带来重大精神损害；女方应返还男方已支付的抚养费，具体数额根据女方偿还能力和男方抚养情况而定。在处理此类案件时，法院会充分考虑双方当事人的实际情况，力求公正合理。亲子鉴定结果仅能证明双方是否存在血缘关系，但不能直接否定法律上的亲子关系，需结合其他证据综合判断。