缓冲液的性质对电泳也有重大影响。缓冲液的pH值直接影响大分子的解离程度，进而影响其带电性质。当缓冲液pH值距离大分子等电点越远时，其净电荷量增加，电泳速度也随之加快。此外，缓冲液的离子强度也很关键。它需要保持在0.02－0.2之间，以确保电泳过程中大分子电荷的稳定性和缓冲液pH的稳定性。过高或过低的离子强度都会影响电泳速度。电场强度是另一个重要因素。电场强度越大，电泳速度越快。然而，过高的电场强度会导致电流增大，增加电泳过程中的热量产生。电泳过程中电流所做的功大部分会转化为热能，导致介质温度升高，从而影响样品和缓冲离子的扩散速度，样品分离带加宽，甚至引起对流，导致待分离物的混合。