一、敌对组织不同；1、红宝石的敌对组织是熔岩队。2、蓝宝石的敌对组织是海洋队。3、绿宝石的敌对组织既有熔岩队，又有海洋队。二、宝可梦联盟冠军的不同。1、在红/蓝宝石中，宝可梦联盟冠军是大吾，冠军的房间的颜色是紫色。2、在绿宝石中，宝可梦联盟冠军是米可利，冠军的房间的颜色是蓝色。三、神兽剧情不同；1、红宝石的神兽剧情是固拉多相关。2、蓝宝石的神兽剧情是海皇牙相关。3、绿宝石的神兽剧情既有固拉多、海皇牙，还有裂空座。四、额外剧情不同；1、红/蓝宝石没有额外剧情。2、绿宝石有额外剧情，具体如下：（1）熔岩队与海洋队都变为了邪恶组织，海洋队的主基地还在蓝宝石的原址，而熔岩队则搬到了凹凸山道。还增加了绿岭宇宙中心的剧情。（2）增加了固拉多与盖欧卡对决，以及烈空坐制止灾难的剧情，并且出现了过场动画。