一、敌对组织不同
1、红宝石的敌对组织是熔岩队。
2、蓝宝石的敌对组织是海洋队。
3、绿宝石的敌对组织既有熔岩队,又有海洋队。
二、宝可梦联盟冠军的不同
1、在红/蓝宝石中,宝可梦联盟冠军是大吾,冠军的房间的颜色是紫色。
2、在绿宝石中,宝可梦联盟冠军是米可利,冠军的房间的颜色是蓝色。
三、神兽剧情不同
1、红宝石的神兽剧情是固拉多相关。
2、蓝宝石的神兽剧情是海皇牙相关。
3、绿宝石的神兽剧情既有固拉多、海皇牙,还有裂空座。
四、额外剧情不同
1、红/蓝宝石没有额外剧情。
2、绿宝石有额外剧情,具体如下:
(1)熔岩队与海洋队都变为了邪恶组织,海洋队的主基地还在蓝宝石的原址,而熔岩队则搬到了凹凸山道。还增加了绿岭宇宙中心的剧情。
(2)增加了固拉多与盖欧卡对决,以及烈空坐制止灾难的剧情,并且出现了过场动画。
(3)新增了固拉多与盖欧卡的捕获地点,为随机变化的两个洞窟,并且只能在主线任务结束后捕捉。
(4)烈空坐变为了剧情必须遇到。
(5)在完成丰缘图鉴后,可以从小田卷博士处获得菊草叶、火球鼠、小锯鳄(三选一)。
(6)前宝可梦联盟冠军大吾在主角成为新一届冠军后出现在流星瀑布深处,主角可以挑战一次。
(7)新增加与《火红/叶绿》一致的肚脐岩、诞生之岛、边境的小岛三个地点,这三个地点都是用来捕获传说的宝可梦的地点。
五、道馆馆主战的不同
1、红/蓝宝石中,道馆馆主战只能单打,并且打赢后不能再挑战。
2、绿宝石中,道馆馆主战可以双打,打赢后还能再挑战。
六、全图鉴的要求不同
1、红/蓝宝石中,除了自身游戏中能完善的图鉴外,要想全图鉴,还必须与另一种版本的游戏进行通信,如红宝石要与蓝宝石进行通信来完善图鉴。
2、绿宝石中,自身游戏中就能做到全图鉴,不需要经过通信。
参考资料来源:神奇宝贝百科-精灵宝可梦绿宝石
参考资料来源:神奇宝贝百科-精灵宝可梦红宝石/蓝宝石