首先，市场环境和保障机制不完善，缺乏明确的发展目标以及稳定的需求。目前，中国仍处于政策引导下的封闭运行阶段。其次，资源评估、技术标准等体系尚需完善。尽管中国已经制定了相关国家标准，但是针对不同生物质原料的专用标准和工艺控制标准亟需制定。生物质能源的规模化和商业化进程受到资源分散和收集技术落后的限制。国际上广泛采用的集中发电和供热技术，需要大规模应用才能实现经济效益，但在中国这还面临困难。另外，设备技术含量低，研发投入不足，关键技术研发进展缓慢，如厌氧消化、气化利用和沼气发电等问题还未得到有效解决。政策支持也是制约因素之一，缺乏专门的政策扶持和经济补贴，生物质热电联产的规模化难以实现。