这款摩托车的YCC-T系统，即雅马哈芯片控制节气门，是其一大亮点。它的短冲程引擎压缩比达到了惊人的13.1：1，这在雅马哈市售车型中创下新高，促使驾驶者将转速保持在10，000rpm以上，以获得更好的驾驶体验。为了应对高转速带来的压力，引擎活塞、凸轮链松紧调节器等关键部件都经过精心设计和强化。此外，YCC-I技术也是一项重要卖点。当油门开度和发动机转速符合预设条件时，进气导管的有效长度会减少，这有助于短冲程高转速引擎更好地吸气，从而提升马力输出。R6的排气系统采用钛合金活瓣EXUP技术，连接二号缸和三号缸排气歧管的直径增加了30%，同时消音器的形状也进行了调整，使得这款天生喜欢高转速的引擎在低转速时也能提供足够的扭矩。