拉迪欧斯石/拉帝亚斯石-跟老妈对话后获得（根据版本）。迪安西石-把迪安西放在首位进入任意精灵中心触发剧情获得。蜥蜴王石/火鸡石/巨沼怪石-120号道路吊桥上和大吾对话触发变隐龙剧情后，大吾将侦测望远镜送给了主角，并根据主角选择的御三家赠送给主角相应的Mega石。勾魂眼石-琉璃市觉醒祠堂右边。喷火驼石-DELTA章剧情赠送（另一版本为巨牙鲨石？）。巨牙鲨石-战斗边疆前剧情赠送（另一版本为喷火驼石？）。大钢蛇石-某山洞里；巨金怪石-初回配信/二周目挑战联盟打败大吾后获得。暴蝾螈石-DELTA章后到流星瀑布下与NPC对话获得。裂空座Mega进化无需石头，只需学会独门即可，忘掉独门后无法Mega进化。塔布奈石-对战边疆救起了失忆的帅哥刑警后，在小屋再次对话后赠送。