拉帝亚斯石/拉迪欧斯石-得到5个徽章后触发剧情和大吾前往南方小岛自动获得（无需战斗），同时得到mega环，开始可以使用mega进化功能（根据版本）
拉迪欧斯石/拉帝亚斯石-跟老妈对话后获得（根据版本）
迪安西石-把迪安西放在首位进入任意精灵中心触发剧情获得
蜥蜴王石/火鸡石/巨沼怪石-120号道路吊桥上和大吾对话触发变隐龙剧情后，大吾将侦测望远镜送给了主角，并根据主角选择的御三家赠送给主角相应的Mega石
勾魂眼石-琉璃市觉醒祠堂右边
喷火驼石-DELTA章剧情赠送（另一版本为巨牙鲨石？）
巨牙鲨石-战斗边疆前剧情赠送（另一版本为喷火驼石？）
大钢蛇石-某山洞里
巨金怪石-初回配信/二周目挑战联盟打败大吾后获得
暴蝾螈石-DELTA章后到流星瀑布下与NPC对话获得
裂空座Mega进化无需石头，只需学会独门即可，忘掉独门后无法Mega进化
塔布奈石-对战边疆救起了失忆的帅哥刑警后,在小屋再次对话后赠送
艾路雷朵石-秋叶镇跟索蓝斯博士对话后获得
冰鬼护石-浅滩洞穴深处(溯退)
大针蜂石-完成废船剧情后可以捡取
呆河马石-浅滩洞穴中替老人收集好材料后赠送
其余两个御三家石-114路蹲坐的老人，向他买剩下的两颗御三家石头，两颗石均以1500元发售
比雕石-在绿荫镇帮小女孩找寻蘑蘑菇后得到奇妙石，再到得文公司跟社长对话后获得
长耳兔石-紫堇市二楼住宅居帮助西装男后再次对话后获得
七夕青鸟石-带上七夕青鸟到水静市找某男子,给他看七夕青鸟后获得
