1、含义不同。3%为小规模纳税人增值税税率；17%为一般纳税人增值税税率。2、享受的税收的政策不一样。小规模纳税人不能抵扣进项税，只有一般纳税人才能抵扣进项税额。一般纳税人抵扣进项税的条件。（1）必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税。（2）取得小规模纳税人在国税代开的增值税专用发票，可以按3%抵扣进项税。3、发票性质不同。3%的税率在增值税普通发票使用较多的；17%税率常见于增值税专用发票。税法规定必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税，进项增值税发票经过认证可以抵扣税金，普通发票不能抵税。法律依据。《中华人民共和国增值税暂行条例》。第二条 增值税税率。(一)纳税人销售或者进口货物，除本条第(二)项、第(三)项规定外，税率为17%。(二)纳税人销售或者进口下列货物，税率为13%。