法律分析：
1、含义不同：
3%为小规模纳税人增值税税率；17%为一般纳税人增值税税率。
2、享受的税收的政策不一样：
小规模纳税人不能抵扣进项税，只有一般纳税人才能抵扣进项税额。
一般纳税人抵扣进项税的条件：
（1）必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税。
（2）取得小规模纳税人在国税代开的增值税专用发票，可以按3%抵扣进项税。
3、发票性质不同：
3%的税率在增值税普通发票使用较多的；17%税率常见于增值税专用发票。税法规定必须取得增值税专用发票才能抵扣进项税，进项增值税发票经过认证可以抵扣税金，普通发票不能抵税。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第二条 增值税税率：
(一)纳税人销售或者进口货物，除本条第(二)项、第(三)项规定外，税率为17%。
(二)纳税人销售或者进口下列货物，税率为13%：
1.粮食、食用植物油;
2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品;
3.图书、报纸、杂志;
4.饲料、化肥、农药、农机、农膜;
5.国务院规定的其他货物。
(三)纳税人出口货物，税率为零;但是，国务院另有规定的除外。
(四)纳税人提供加工、修理修配劳务(以下称应税劳务)，税率为17%。
税率的调整，由国务院决定。
第二十条 增值税由税务机关征收，进口货物的增值税由海关代征。
个人携带或者邮寄进境自用物品的增值税，连同关税一并计征。具体办法由国务院关税税则委员会会同有关部门制定。
