衣原体是一种比细菌小但比病毒大，能通过细胞滤器，有独特发育周期，严格细胞内寄生的原核细胞型微生物。衣原体广泛寄生于哺乳类及鸟类中，仅少数有致病性。当人体被衣原体感染后，衣原体在细胞内繁殖，导致被感染细胞死亡。新生儿的感染大多来源于母亲。准妈妈是衣原体患者及携带者时，分娩过程中胎儿经过产道时就会感染上衣原体。多数情况下，从母亲处染上的衣原体可引起新生儿结膜炎和肺炎，此外还可引起鼻咽部感染及其他部位感染。受感染的新生儿，约30% ～ 50% 会患结膜炎。大约于出生后5 ～ 14 天发病，有的可在出生后2 天左右发病。通常先从一只眼睛开始，眼睛里有黏性分泌物，翻看眼睑能看到充血肿胀。受感染的新生儿，约10% ～ 20% 会发生肺炎。