配子加配子等于合子。配子之间大小相同，衣藻的两个配子融合成为一个合子，和受精卵类似。合子的核物质没有完整的核膜包被，因此称为核融合，此时染色质聚合成染色体，合子进入第一次阶段。正常的两原核合子并不一定就是双倍体。这种现象最常见的原因是非整倍体，多由卵子或精子成熟过程中染色体不分离所致，另外中心粒不在第二次减数期，而在第一次减数期也会导致非整倍体的发生。在减数过程中染色体的断裂也是造成非整倍体的一个重要原因。在人类超排卵周期中约有百分之二十到百分之三十的卵子为非整倍体，有些患者甚至可以达到百分之五十。非整倍体的发生似乎与超排卵药物的刺激无关。配子染色体异常的发生率随年龄的增加而增加，但目前尚没有证据表明精子质量与染色体异常有明显相关性。