根据财税〔2006〕107号文，企业与学校签订三年以上合作协议后，支付给实习生的报酬可以在计算企业所得税前扣除。但根据个人所得税法规定，企业仍需代扣代缴实习生的个人所得税。法律分析；根据财税〔2006〕107号文“凡与中等职业学校和高等院校签订三年以上期限合作协议的企业，支付给学生实习期间的报酬，准予在计算缴纳企业所得税税前扣除。具体征管办法由国家税务总局另行制定。对中等职业学校和高等院校实习生取得的符合我国个人所得税法规定的报酬，企业应代扣代缴其相应的个人所得税款”规定，对实习生取得所得应按规定缴纳个人所得税。拓展延伸；实习生个人所得税的纳税义务与规定。