法律分析：一、申请强制执行发工资还被公司起诉了怎么办。公司不服裁决而起诉的一裁终局案件，单位只能到作出仲裁决定的仲裁委所在地的中院起诉。非一裁终局案件，一般应在被告所在地起诉。你要做的就是正常应诉即可，如果自己没有时间，可以委托近亲属或律师出庭应诉。二、申请强制执行流程。申请强制执行的程序具体如下：1、申请。发生法律效力的民事判决、裁定以及刑事判决、裁定，当事人必须履行。一方拒绝履行，对方当事人可以依法向人民申请执行，也可以由审判员移送执行员执行。2、受理。3、申请复议。当事人、利害关系人对裁定不服的，可以自裁定送达之日起10天内向上一级人民申请复议。