公司停薪留职协议签订的注意事项包括确认对方当事人的主体资格、明确合同形式、规定必备条款、承担合同义务、注意授权性文件的跟踪管理、明确重大误解等情况下的撤销权、将原件交公司统一保管。同时，合同内容不得损害社会公共利益，不得恶意串通损害国家、集体、第三人的利益，也不得含有免责条款。法律分析；公司停薪留职协议签订的注意事项包括以下几点。1.在签署协议前，需要确认对方当事人的主体资格。2.合同的形式需要明确。3.合同中必须具体、明确地规定各项必备条款。4.在订约前，需要承担相应的合同义务。