专利许可合同未备案，但合同如果是依法订立的，并且不以备案等手续为生效要件的，是有效的。依法订立的合同自成立时生效，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。专利许可使用合同备案流程。依据专利实施许可合同备案办法的规定，对专利许可合同进行备案的，申请人应该向国家知识产权局提出申请，并且提交相应的材料。申请专利实施许可合同备案的，应当提交下列文件。(一)许可人或者其委托的专利代理机构签字或者盖章的专利实施许可合同备案申请表。(二)专利实施许可合同。(三)双方当事人的身份证明。(四)委托专利代理机构的，注明委托权限的委托书。(五)其他需要提供的材料。专利许可合同签订后如何备案。依据专利实施许可合同备案办法的规定，签订专利许可合同后，要在合同生效三个月内向国家知识产权局申请备案。