进口增值税的抵扣方式如下：1、在海关缴纳关税、增值税，并取得缴款书。2、根据货物明细和缴款书编制抵扣清单，然后录入税务局的采集软件里，从采集软件里导出清单存入U盘。3、带好营业执照、增值税缴款书、申请、抵扣清单纸质版和U盘，去税务局的办税大厅提交抵扣申请。4、从2017年7月1日开始，申请期限是360天，以前是180天。也就是说按缴款书上的时间，360天内要提交抵扣申请，逾期不能抵扣。5、税务机会根据你提交的申请和清单进行审核、比对，数据都正确就会给你下达一个增值税的抵扣凭证。一般是这个月下达上个月的。6、公司凭税务局下达的增值税抵扣凭证就可以抵扣增值税。