根据《海关进口增值税专用缴款书稽核办法》（国税函[2004]128号），增值税一般纳税人持有一份海关增值缴款书进项发票，需要按照文件要求在开具之日起90天后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，并在申报时报送《海关完税凭证抵扣清单》。因此，贵公司需要向主管税务机关申报抵扣，并在申报时报送《海关完税凭证抵扣清单》。法律分析；我公司持有一份海关增值缴款书进项发票，请问我们应该如何申请抵扣？是否存在90天的认证期？我们需要通过哪些税务部门进行认证。