加班费属于劳动者劳动报酬所得的有效组成部分，个人所得税是按照劳动报酬的总额进行扣取，加班费也是要扣个人所得税的。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税。1、工资、薪金所得。2、个体工商户的生产、经营所得。3、对企事业单位的承包经营、承租经营所得。4、劳务报酬所得。5、稿酬所得。6、特许权使用费所得。7、利息、股息、红利所得。8、财产租赁所得。9、财产转让所得。10、偶然所得。11、经国务院财政部门确定征税的其他所得。一、加班费的计算方法是什么。1、标准工时制度的加班费计算。按照劳动部《关于印发的通知》，应按以下标准支付工资。（1）用人单位依法安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150％支付劳动者工资。