法律分析：加班工资要扣税，加班工资属于员工正常的薪资，并不属于国家统一规定的免税项目，所以加班费应当计入个税起征点，即并入当月的工薪收入的个人所得税，进行依法纳税。《个人所得税法》第二条。下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税。（一）工资、薪金所得。（二）劳务报酬所得。（三）稿酬所得。（四）特许权使用费所得。（五）经营所得。（六）利息、股息、红利所得。（七）财产租赁所得。（八）财产转让所得。（九）偶然所得。一、员工工资扣税的比例是多少。劳动者的工资的税收需要按照《个人所得税》的规定执行，目前的起征点为5000元。［法律依据］《个人所得税法》第三条，个人所得税的税率。1、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五。