医保自费1000才能用，是因为设置了医保起付线。由于医疗保险主要由地方政策调控。受制于当地的经济发展水平，各地的起付线标准各不一样。起付线标准主要与医院的等级挂钩，一级医院的起付线最低，三级医院的起付线最高，二级医院的起付线居中。部分城市也增设异地医院的起付线标准，高于本地三级医院的起付线。医疗保险的报销流程。1、办理人提交报销单据等材料到社保机构受理。2、受理部门自收到申请材料，进行审核，结算，支付工作。3、社保机构批准申请的，申请人领取社会医疗保险医疗费报销单后，予以报销。以下医疗费用不予报销。1、未经批准在非定点医疗机构就诊发生的医疗费用。2、自杀、自残的（精神病）除外。3、打架、斗殴、酗酒、吸毒及其他因犯罪或违反治安管理所致伤病的。4、交通事故、意外伤害、医疗事故等。