法律分析：员工停薪留职协议有法律效力。职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。一、办理停薪留职的程序。1、要求停薪留职的职工，应由本人提出书面申请，报所在单位批准。2、企业与批准停薪留职的职工应签订停薪留职合同，并报企业主管部门和企业所在地劳动部门备案。3、同由双方共同商定，其内容应当包括：停薪留职的期限、停薪留职期间工资和劳保福利待遇的处理、工龄计算以及双方认为需要明确的其他事项等。4、未经批准擅自离职的，所在单位按违反劳动纪律处理。二、停薪留职要注意。1、职工经企业批准停薪留职的，其在塬企业的工资总额，可以由塬企业留作工资储备金使用。