1、办理施工许可证是甲方负责办理的，其中有一条就是民工工资保证金的凭证的事。所以是甲方办理。2、然后甲方再把这笔钱从施工总包单位身上扣下来。就变成是施工单位自己交的了啊。一般合同中会约定的。农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的3%向银行专户存储的工资专项资金。保证金根据省、市、县各级项目审批权限实行层级监管，并实行专户存储、专项支取，任何单位和个人不得挪用。