一、交通事故赔偿医疗费用是否扣除医保部分。1、交通事故赔偿医疗费用不会扣除医保部分。不应当扣除因参加医疗保险已得到赔付的部分，不管参加的医疗保险是什么性质，与保险公司之间是保险合同关系，另一种是侵权纠纷，两种之间的法律关系不一样，不能混在一起。在保险公司能否得到赔付与其被侵权能否得到赔偿是不相关的。保险公司不能因为已赔偿的全部医疗费而拒绝赔付医疗费，同样，侵权人也不能因为的部分医疗费已由保险公司赔付而不再赔偿。2、法律依据：《道路交通事故处理程序规定》第六十条。公安机关交通管理部门应当根据当事人的行为对发生道路交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。（一）因一方当事人的过错导致道路交通事故的，承担全部责任。