1、醉驾免于刑事处罚和不起诉的区别在于针对的对象不同：免予刑事处罚针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人。不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的人。2、醉驾免于刑事处罚和不起诉的区别在性质不同：免予刑事处罚指因某些原因犯下罪行，需要刑事处罚，但因为自首或其他情节，导致不用接受刑事处罚。不起诉是人民检察院对案件审查后依法做出的处理结果之一，其性质是人民检察院对其认定的不应追究、不需要追究或者无法追究刑事责任的犯罪嫌疑人所作的一种诉讼处分。它的法律效力在于不将案件交付人民法院审判，从而在审查起诉阶段终止刑事诉讼。