转让集资房协议能被判无效。一般商品房取得的是出让土地使用权，而集资房取得的是划拨土地使用权。集资房上市交易、出租、抵押和继承时，应该向政府有关部门补交土地出让金。违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。一、划拨土地出让金怎么算。1、有实际成交价且不低于所在级别基准地价平均标准的，按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照标准地价平均标准的40%计算。2、发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。3、通过以上方式计算的土地出让金数额，土地使用权受让人有异议的，由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40%计算土地出让金。