祖传宅基地被侵占，利害关系人可申请宅基地确权，维护自身权益。根据《中华人民共和国民法典》，物权纠纷可通过和解、调解、仲裁、诉讼等方式解决。确权方式包括领取申报登记表、提供土地来源证明、进行实地调查和测量，最终由县签发宅基地使用权证。只有在公告期满且无异议情况下，农民才能真正拥有宅基地使用权证。法律分析；如果祖传宅基地被侵占，宅基地的利害关系人可以采取以下措施：申请宅基地确权，以维护自己的权益。《中华人民共和国民法典》。第二百三十三条【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。二、宅基地纠纷确权可以通过什么方式。